Однако Булгаков уже больше не бросал "Мастера и Маргариту" и с перерывами, вызванными необходимостью писать заказанные пьесы, инсценировки и сценарии, продолжал работу над романом практически до конца жизни. Уже в выборе названия ведется борьба правды и вымысла. Так, например, вторая редакция "Мастера и Маргариты", создававшаяся вплоть до 1936 г., имела подзаголовок "Фантастический роман" и варианты названий: "Сатана", "Великий канцлер", "Черный маг", "Он появился" и "Копыто консультанта".

Третья редакция "Мастера и Маргариты", начатая во второй половине 1936 г. или в 1937 г., первоначально называлась "Князь тьмы", но уже во второй половине 1937 г. появилось хорошо известное теперь заглавие "Мастер и Маргарита". В мае - июне 1938 г. фабульно завершенный текст "Мастера и Маргариты" впервые был перепечатан. Авторская правка машинописи началась 19 сентября 1938 г. и продолжалась с перерывами почти до самой смерти писателя. Булгаков прекратил ее 13 февраля 1940 г., менее чем за четыре недели до кончины, на фразе Маргариты: "Так это, стало быть, литераторы за гробом идут?"

Фабульно "Мастер и Маргарита" - вещь завершенная. Остались лишь некоторые мелкие несоответствия, вроде того, что в главе 13 утверждается, что Мастер гладко выбрит, а в главе 24 он предстает перед нами с бородой, причем достаточно длинной, раз ее не бреют, а только подстригают. Кроме того, из-за неоконченности правки, часть из которой сохранялась только в памяти третьей жены писателя Е. С. Булгаковой, а также вследствие утраты одной из тетрадей, куда она заносила последние булгаковские исправления и дополнения, остается принципиальная неопределенность текста, от которой каждый из публикаторов вынужден избавляться по-своему. Например, биография Алоизия Могарыча была зачеркнута Булгаковым, а новый ее вариант только вчерне намечен. Поэтому в одних изданиях "М. и М." она опускается, а в других, восстанавливается зачеркнутый текст.

23 октября 1937 г. Е. С. Булгакова отметила в дневнике: "У Михаила Афанасьевича из-за всех этих дел по чужим и своим либретто начинает зреть мысль - уйти из Большого театра, выправить роман ("Мастер и Маргарита"), представить его наверх". Тем самым "Мастер и Маргарита" признавался главным делом жизни, призванным определить судьбу писателя, хотя в перспективе публикации романа Булгаков далеко не был уверен. Перед завершением перепечатки текста "Мастера и Маргариты" он писал жене в Лебедянь 15 июня 1938 г.: "Передо мною 327 машинописных страниц (около 22 глав). Если буду здоров, скоро переписка закончится. Останется самое важное - корректура авторская, большая, сложная, внимательная, возможно с перепиской некоторых страниц. "Что будет?" - ты спрашиваешь. Не знаю. Вероятно, ты уложишь его в бюро или в шкаф, где лежат убитые мои пьесы, и иногда будешь вспоминать о нем. Впрочем, мы не знаем нашего будущего…".